Обитель Агарафу расположена около деревушки Эпископи, в 23 километрах восточнее города Ираклион, в лесистой местности на высоте 538 метров над уровнем моря. Во время венецианской эпохи она была одной из самых богатых на острове Крит, владеющей несколькими монастырями в городе Ираклион и в округе Лассити. Эта обитель считается главной в иерархии монастырей острова.

Монастырь Агарафу получил свое имя от растения Зопник кустарниковый  (Phlomis fruticosa), носящее название Агарафия в критском диалекте. Согласно легенде, под этим растением монах обнаружил икону Пресвятой Богородицы. Позже, он построил на том самом месте церковь Пресвятой Богородицы. Перед церковью Вы сможете увидеть гранатовое дерево со свечей возле ствола. Гранатовое дерево, считается изначально растением Агарафия, преобразившимся чудесным образом в дерево.